La guerra civil, al igual que para el resto de asociaciones y hermandades de carácter religioso de Puertollano, supone un paréntesis en la vida de la Cofradía. Una vez concluida la contienda comienza a reorganizarse de la mano de Enrique García a quien siguieron en la presidencia Rafael Gómez Jiménez y Alfonso García Dueñas, que durante treinta años estuvo al frente de la cofradía. El escultor Manuel Santos realizó en madera una hermosa carroza para la Virgen en sustitución de las antiguas andas. Esta carroza con estructura para palio sería luego cedida a la Cofradía de Los Discípulos de San Juan para que procesionara “La Macarena” en la mañana del Viernes Santo, dadas las excelentes relaciones existentes entre ambas Juntas Directivas, que se han mantenido -incluso incrementado- hasta la actualidad.

En 1.975 se adquirió un nuevo trono, confeccionado en plata meneses por la Casa Orrico de Valencia, con un importe total de un millón de pesetas, que fueron sufragadas gracias a la ayuda económica del Ayuntamiento y los donativos de los ciudadanos de Puertollano.